色谱柱是有一定寿命的，为了降低分析成本，我们都会尽量延长色谱柱的使用寿命。有专家曾对色谱柱的使用寿命做过调查，在2011年的时候，约有四分之一接受调查的用户色谱柱的使用寿命在500针以上，并且接受调查的用户中有接近一半的用户进样次数超过了1000次，而进样次数不到500的用户不到30%。调查结果显示，从1997年到2011年，进样次数超过500次和超过1000次的用户比例是逐年增加的，相反小于500次的用户比例则是下降的。造成这种情况的原因可能有两方面，一方面是柱子装填工艺的改进，另一方面则是操作人员对柱子的使用和保护，而后者可能起的作用更大。
那么作为分析人员我们怎么保护色谱柱呢?
首先样品要经过前处理，前处理过程中对样品中不需要的化学物质和微型颗粒去除的越好，对柱子寿命的延长就越有利。经过前处理的样品在进样之前要经过微孔滤膜过滤，经常使用的滤膜有0.45 um和0.2 um两种，根据使用的色谱柱选择不同孔径的滤膜，滤膜的孔径不大于色谱柱进口筛板的孔径，我们经常使用的滤膜为0.45um。在进样前离心也可以去除微型颗粒，并且有实验证明，这种方法在沉淀蛋白样品时，效果更好。
使用在线过滤器，在进样器和柱子或保护柱之间连接一个在线过滤器，可以将过滤未除掉的微粒拦住，以免进入色谱柱。当系统压力增加时，可以优先考虑在线过滤器的堵塞，出现这种情况，根据所进的样品使用相应的试剂超声处理，若不能解决问题，则更换。
使用保护柱。保护柱装在分析柱之前，与分析柱的填料一致，一方面保护柱可以除去可能堵塞分析柱的颗粒物质，另一方面保护柱可以吸附对分析柱有强烈吸附或者不可逆吸附的物质，延长分析柱的寿命。当然，保护柱也是有一定寿命的，这就需要衡量一下使用保护柱是不是有意义。
在装填技术已经成熟的情况下，柱子寿命的差别更多的取决于使用者对柱子的使用和维护。样品经过前处理后过滤或离心，在进色谱柱前经过在线过滤器和保护柱。同时，在每次进样结束后，使用强溶剂冲洗柱子，出去柱子上的强保留物质，也能延长色谱柱的寿命。
